Tiga tahun setelah perang, Mahito Maki kehilangan ibunya dalam kebakaran tragis di rumah sakit. Tak lama kemudian, ayahnya menikahi Natsuko, adik perempuan ibu Mahito. Mereka membawa Mahito keluar dari Tokyo untuk mencari perlindungan di rumah keluarga pedesaan mendiang ibunya. Di sana, Mahito terus-menerus diejek oleh bangau abu-abu aneh, yang tampaknya tertarik padanya.
Karena tidak dapat menerima kehilangannya dan berjuang untuk menyesuaikan diri dengan kehidupan baru di tempat yang tidak dikenalnya, bocah lelaki itu terkejut saat mengetahui bahwa Natsuko sedang hamil. Lebih buruk lagi, bangau yang menyebalkan itu dapat berbicara—dan mengklaim bahwa ibu Mahito masih hidup. Membujuknya ke menara misterius di dekat kediaman, bangau itu mengatakan bahwa Mahito dapat menyelamatkannya dari kematian, tetapi bocah lelaki itu tidak mudah terpengaruh.
Namun, ketika Natsuko menghilang suatu hari, Mahito melihatnya berjalan ke menara dan menjadi terdorong untuk masuk untuk menyelamatkannya. Ia segera menemukan dirinya jatuh ke dunia lain di bawahnya, di mana hidup dan mati tampaknya saling terkait. Saat ia menjelajahi dunia asing ini untuk menemukan Natsuko, Mahito harus memahami apa artinya hidup jika ia ingin pulang dengan selamat.
[Written by MAL Rewrite]
